海南
一段時間后眾人來到飛云道館進行挑戰。第一輪對決寄巖蟹擊敗了暖暖豬但卻不敵蟲寶包，而蟲寶包還進化成為寶包繭并將后續對手滾輪繭一舉擊潰。見狀館主派出王牌保姆蟲，好在皮卡丘穩定發揮用鋼鐵之尾疊加電球戰勝對手，因此小智再下一城獲得第三枚徽章甲蟲徽章。
戰后小智等人繼續上路，途中修帝再次和小智進行了一輪BO3對戰，這次雙方打成平手不分勝負。在告別了修帝后小智先后收服了一只藍蟾蜍和石丸子。隨后大家來到了一個寶可夢對戰大賽東·喬治對戰，在此小智等人與各路高手全都報名參賽。
經過多輪廝殺小智和艾莉絲會師決賽，兩人分別派出了鋼鉆鼴鼠和皮卡丘進行對決，只見激烈的交鋒爆發而出皮卡丘和鋼鉆鼴鼠各施絕招，最終艾莉絲成功擊敗小智奪得東·喬治對戰的冠軍，相信這份美好的經歷會是彼此最難忘的回憶。
大賽之后小智等人繼續旅程，他們意外遇到了落單的喵喵，喵喵表示由于執行任務失敗它被火箭隊解雇開除，于是眾人決定帶著孤單的喵喵一同上路，而艾莉絲還屢次對著喵喵丟出精靈球意圖收服未果。
之后在喵喵的幫助下大家化解了許多寶可夢事件，在一次與欺詐貓的相遇中喵喵和小球獺同時一見傾心，他們幫助欺詐貓尋找到了自己的主人，那位主人還由衷地感謝喵喵的幫助。
在又一次的失戀后大家來到雷文市遭遇了寶可夢盜竊風波，在此喵喵顯露本性恢復了火箭隊的身份，原來先前的故事只是它的偽裝，其真實目的是要利用小智的掩護潛入雷文市盜取寶可夢。
此刻火箭隊搶奪了大量寶可夢并想利用地鐵實施逃離，危難之際小智等人展開反擊總算化解危機，隨之見勢不妙的喵喵和武藏小次郎使用飛行裝置逃離，這時看著喵喵遠去的身影小智卻無法生出恨意。其實大家與喵喵的這段旅程雖然短暫，但也會是眾人心中一段珍貴快樂的回憶。
第二天小智來到了雷文道館進行挑戰，由于館主使用的是雷電屬性寶可夢，小智認為皮卡丘的電擊沒有很好的效果不肯讓其出戰，隨即第一場對決小智用藍蟾蜍擊敗了雷電斑馬，不過館主的電飛鼠卻先后戰勝了小智的藍蟾蜍和葉藤蛇。接連的失敗讓小智陷入迷茫不知如何決斷。
在皮卡丘的苦言相勸下小智想起與皮卡丘攜手作戰的信念，最終依靠自己的指揮和皮卡丘的出色發揮，他們先后擊敗了館主的電飛鼠和麻麻小魚，于是小智順利獲得第四枚徽章伏特徽章。接著大家還結識了合眾地區的冠軍聯盟領袖赤楠先生。
一段時間后眾人來到了米洛斯島，這里流傳著關于三神云的傳說分別是：雷之神雷電云風之神龍卷云地之神土地云。其中雷電云和龍卷云喜好戰斗時常大肆破壞，而土地云則是作為守護神阻止對方戰斗保護島上和平。
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