1. qPCR
前提:你已經(jīng)提前鎖定目標(biāo)基因(有明確候選)
作用:精準(zhǔn)驗(yàn)證少數(shù)基因的表達(dá)變化,通量極低
適用場(chǎng)景:已知通路 / 已知靶點(diǎn),只需要確認(rèn)幾個(gè)基因是否改變。
2. RNA-seq
前提:沒(méi)有候選基因,完全不知道哪些基因會(huì)變化
作用:無(wú)偏向全基因組掃描,一次性測(cè)出全部轉(zhuǎn)錄本,挖掘未知新基因、新通路
適用場(chǎng)景:機(jī)制初探、造模 / 給藥后全局轉(zhuǎn)錄變化篩查
3. 正確流程: RNA-seq 全局篩選 → qPCR 挑選關(guān)鍵基因驗(yàn)證 絕大多數(shù)情況測(cè)序后都要挑基因做 qPCR 核驗(yàn),讓結(jié)果更可靠。 反向先 qPCR 再 RNA-seq 僅適合補(bǔ)充深挖,不屬于標(biāo)準(zhǔn)實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì),會(huì)浪費(fèi)測(cè)序成本。
編輯:冷漠小 z
內(nèi)容來(lái)源:丁香大師姐(小紅書)
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